fa بررسی خوشه های پروتئینی در بیماری آتروفی عضلانی با استفاده از آنالیز شبکه تعامل بيولوژي Biology پژوهشي-کامل Research(Original) <span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b koodak;">سابقه</span></span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b koodak;"> و هدف:</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;"> یکی از بیماری</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">های شایع ناشی از ابتلا به بسیاری از بیماری</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">ها و کهولت سن، آتروفی عضلانی است. بررسی اتفاقات مولکولی موثر در ایجاد بیماری می</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">تواند اطلاعات مفیدی در خصوص ارتقا روش</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">های درمانی و حمایتی از بیماران فراهم نماید. این مطالعه با هدف بررسی تغییرات مولکولی در سطح ارتباطات پروتئینی با ترسیم و آنالیز شبکه تعامل پروتئینی بیماری اتروفی عضلانی، انجام پذیرفت.</span></span><br> <span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b koodak;">مواد و روش</span></span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b koodak;">ها:</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">در این مطالعه تجربی، با استفاده از نرم</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">افزار </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">Cytoscape</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;"> و منبع </span></span>&nbsp;<span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">STRING</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">شبکه برهم کنش پروتئین</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">ها رسم و به کمک الگوریتم</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">های وابسته به </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">Cytoscape</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;"> آنالیز شاخص</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">های مرکزیت و خوشه</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">های پروتئینی به کمک </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">Network analyzer</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;"> و </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">MCODE</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;"> انجام گردید. هستی</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">شناسی کمپلکس</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">های شبکه به کمک نرم</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">افزار </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">Bingo</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;"> بررسی شد.</span></span><br> <span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b koodak;">یافته</span></span></span><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b koodak;">ها:</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">تعداد 5 پروتئین مرکزی شامل </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">AKT1</span></span></span><span style="color:black;">، </span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">ALB</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">،</span></span> <span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">DMD</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">،</span></span> <span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;SMN1</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">و </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">SMN2</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;"> در شبکه شناسایی، و 6 خوشه پروتئینی که 2 خوشه اول آن</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">ها برای آنالیز هستی</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">شناسی در نظر گرفته شد معرفی گردید.</span></span><br> <span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b koodak;">استنتاج:</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;"> کلیه پروتئین های مهم در این خوشه</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">ها به صورت پراکنده وجود داشتند. به نظر می</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">رسد که پانل بیومارکری معرفی شده شامل </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">AKT1</span></span></span><span style="color:black;">، </span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">ALB</span></span></span><span style="color:black;">، </span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">DMD</span></span></span><span style="color:black;">، </span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;SMN1</span></span></span><span style="color:black;">و </span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;">SMN2</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;"> می</span></span><span style="letter-spacing:-.3pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b zar;">تواند در درک بهتر بیماری موثر باشد.</span></span><br> &nbsp; <strong>Background and purpose:</strong> Muscular atrophy is a condition derived from different diseases and aging. Molecular study of the disease condition can help in developing diagnostic methods and treatment approaches. In this study, protein interaction network was analyzed to understand molecular events at protein levels.<br> <strong>Materials and methods:</strong> In this experimental study, the network was constructed and analyzed using Cytoscape and its plug-in STRING. In addition, Network Analyzer and MCODE were applied to analyze the centrality and clustering, respectively. Bingo explored the gene ontology of the determined protein complexes.<br> <strong>Results:</strong> The findings showed five key genes in the network of atrophy including AKT1, ALB, DMD, SMN1, and SMN2<span dir="RTL">.</span> Furthermore, six clusters of proteins were obtained from which two significant ones were considered for gene ontology analysis.<br> <strong>Conclusion:</strong> All the central proteins, AKT1, ALB, DMD, SMN1, and SMN2 are present in the clusters of our interests. It can be concluded that the panel of biomarkers introduced could be of great help in understanding the pathology of muscular atrophy.<br> &nbsp; آتروفی, شبکه برهم کنش پروتئینی ,خوشه های پروتئینی, بیوماکرها atrophy, protein interaction maps, protein clusters, biomarkers 1 10 http://jmums.mazums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-9910-1&slc_lang=fa&sid=1 Mostafa Rezaei Tavirani مصطفی رضایی طاویرانی 1003194753284600106150 1003194753284600106150 No Professor, Proteomics Research Center, Faculty of Paramedical Sciences, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran استاد، مرکز تحقیقات پروتئومیکس، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران Farshad Okhovatian فرشاد اخوتیان 1003194753284600106151 1003194753284600106151 No Professor, Physiotherapy Research Centre, School of Rehabilitation, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran استاد، مرکز تحقیقات فیزیوتواپی، دانشکده توانبخشی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران Mona Zamanian Azodi مونا زمانیان عضدی mona.azodi@gmail.com 1003194753284600106152 1003194753284600106152 Yes PhD in Applied Proteomics, Proteomics Research Center, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran دکتری تخصصی پروتئومیکس کاربردی، مرکز تحقیقات پروتئومیکس، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران