fa طراحی واکسن پپتیدی مولتی اپی توپ علیه SARS-CoV-2 مبتنی بر داده های ایمنوانفورماتیک ايمونولوژي Immunology گزارش کوتاه Brief Report <span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">سابقه</span></span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;"> و هدف:</span></span></span><span style="font-family:B Zar;"> در سال 2019، جهان شاهد ظهور ویروسی تنفسی در انسان بود که سبب بروز سندرم حاد تنفسی با میزان مرگ و میر بالا شد. </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">SARS-CoV-2</span></span><span style="font-family:B Zar;"> به</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">سرعت در جهان منتشر شد و تاکنون درمان موثری برای آن پیدا نشده است. در <span style="letter-spacing:-.1pt;">این مطالعه، ما قصد داریم یک واکسن مولتی اپی</span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-family:B Zar;">توپ با ترکیب چندین اپی</span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-family:B Zar;">توپ سلول</span></span><span dir="LTR" style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-size:10.0pt;"> T </span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-family:B Zar;">و سلول</span></span><span dir="LTR" style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-size:10.0pt;"> B </span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-family:B Zar;">ویروس </span></span><span dir="LTR" style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-size:10.0pt;">COVID-19</span></span><span style="font-family:B Zar;"> طراحی کنیم.</span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Zar;"></span></span></span><br> <span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">مواد و روش</span></span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">ها:</span></span></span> <span style="font-family:B Zar;">جهت بررسی</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">های ایمنوانفورماتیکی</span><span style="font-family:B Zar;">،</span><span style="font-family:B Zar;"> اپی</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">توپ</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">های سلول </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">B</span></span><span style="font-family:B Zar;"> و سلول </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">T</span></span> <span style="font-family:B Zar;">با استفاده از سرور </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">IEDB</span></span> <span style="font-family:B Zar;">پیش</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">بینی شدند. سپس اپی</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">توپ</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">های برتر به وسیله لینکر مناسب به یکدیگر متصل شدند و توالی مولتی اپی</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">توپ حاصل به عنوان کاندید ساخت واکسن علیه </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">SARS-CoV-2</span></span><span style="font-family:B Zar;"> پیشنهاد شد.</span><span style="color:black;"><span style="font-family:B Zar;"></span></span><br> <span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">یافته</span></span></span><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span></span><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">ها:</span></span></span><span style="font-family:B Zar;"> در این مطالعه، 28 اپی</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">توپ سلول </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">B</span></span><span style="font-family:B Zar;"> و 33 اپی</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">توپ سلول </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">T</span></span><span style="font-family:B Zar;"> پیش</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">بینی شدند، سپس برای طراحی واکسن مولتی اپی</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">توپ از 5 اپی</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">توپ با بیش</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">ترین میزان ایمنوژنیسیتی در ناحیه خارج ویریونی پروتئین </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Spike</span></span><span style="font-family:B Zar;"> و یک اپی</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">توپ از هر کدام از پروتئین</span><span style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">های </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Envelope</span></span><span style="font-family:B Zar;">، </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Membrane</span></span><span style="font-family:B Zar;">، </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Nucleocapsid</span></span><span style="font-family:B Zar;">&nbsp; که در ناحیه داخل ویریونی قرار داشتند، انتخاب شده و با استفاده از لینکرهای انعطاف پذیر گلایسینی به هم متصل شدند.<span style="color:black;"></span></span><br> <span dir="RTL" style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;"><span style="font-size:12.0pt;">استنتاج:</span></span></span></span> <span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">براساس نتایج ایمنوانفورماتیک ب</span></span></span><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">i</span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">دست آمده به نظر می</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">رسد اپی</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">توپ</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">های مختلفی از</span></span></span> <span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">پروتئین</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">های ساختاری </span></span></span><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">SARS-CoV-2</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;"> توانایی بالایی در تحریک پاسخ</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">های ایمنی هومورال و سلولی داشته باشند، لذا واکسن مولتی</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">اپی</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">توپ طراحی شده با این اپی</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">توپ</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">ها می</span></span></span><span dir="RTL" style="layout-grid-mode:line;"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;">تواند کمک شایانی در تسریع تولید واکسن موثر علیه </span></span></span><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">COVID-19</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Zar;"><span style="font-size:12.0pt;"> داشته باشد</span></span></span> <strong>Background and purpose:</strong> In 2019, the world has witnessed the emergence of a virus that caused acute respiratory distress syndrome in human with high mortality rates (approximately 3.7%). So far, no effective treatment has been proven against COVID-19. This study aimed at designing a multi-epitope vaccine combining several T-cell and B-cell epitopes of the SARS-CoV-2.<br> <strong>Materials and methods:</strong> Based on immunoinformatics strategies, B-cell and T-cell epitopes were predicted using immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB). Then, the appropriate predicted epitopes were joined to each other by suitable linkers, and the multi-epitope vaccine constructed was suggested as a vaccine candidate against SARS-CoV-2.<br> <strong>Results:</strong> In this study, 28 B-cell epitopes and 33 T-cell epitopes were predicted. Then, to design the multi epitope vaccine, 5 epitopes were used from the virion surface of spike protein and one epitope was used from intravirion region of the Envelope, Membrane, and Nucleocapsid proteins that later on were joined with flexible glycine linker.<br> <strong>Conclusion:</strong> Based on the immunoinformatics results obtained, it seems that different epitopes from SARS-CoV-2 structural proteins have high ability to stimulate humoral and cellular immune responses, so the multi-epitope vaccine designed with these epitopes, can help to accelerate the production of effective vaccines against COVID-19. SARS-CoV-2, COVID-19, واکسن, اپی توپ, ایمنوانفورماتیک SARS-CoV-2, COVID-19, vaccine, epitope, Immunoinformatics 126 132 http://jmums.mazums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-12901-1&slc_lang=fa&sid=1 Alireza Habibi علیرضا حبیبی sayedalirezah1999@gmail.com 1003194753284600124931 1003194753284600124931 No BSc Student in Medical Laboratory, Student Research Committee, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran دانشجوی کارشناسی علوم آزمایشگاهی، کمیته تحقیقات دانشجویی، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، ساری، ایران Amin Azizan امین عزیزان aminsky1377@gmail.com 1003194753284600124932 1003194753284600124932 No BSc Student in Medical Laboratory, Student Research Committee, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran دانشجوی کارشناسی علوم آزمایشگاهی، کمیته تحقیقات دانشجویی، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، ساری، ایران Yahya Ehteshaminia یحیی احتشامی نیا yahya.ehteshami@gmail.com 1003194753284600124933 1003194753284600124933 No BSc Student in Medical Laboratory, Student Research Committee, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran دانشجوی کارشناسی علوم آزمایشگاهی، کمیته تحقیقات دانشجویی، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، ساری، ایران Farhad Jadidi-Niaragh فرهاد جدیدی نیارق farhad_jadidi1986@yahoo.com 1003194753284600124934 1003194753284600124934 No Assistant Professor, Immunology Research Center, Tabriz University of Medical Sciences, Sari, Iran استادیار، مرکز تحقیقات ایمنی شناسی، دانشگاه علوم پزشکی تبریز، تبریز، ایران Ehsan Enderami احسان اندرامی ehsan.enderami@gmail.com 1003194753284600124935 1003194753284600124935 No Assistant Professor, Immunonogenetics Research Center, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran استادیار، مرکز تحقیقات ایمنوژنتیک، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، ساری، ایران Esmaeil Akbari اسماعیل اکبری akbari_esmaeil@yahoo.com 1003194753284600124936 1003194753284600124936 No Associate Professor, Immunonogenetics Research Center, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran دانشیار، مرکز تحقیقات ژنتیک ایمنی، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، ساری، ایران Saeid Abediankenari سعید عابدیان کناری abedianlab@yahoo.co.uk 1003194753284600124937 1003194753284600124937 No Professor, Immunonogenetics Research Center, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran استاد، مرکز تحقیقات ایمنوژنتیک، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، ساری، ایران Hadi Hassannia هادی حسن نیا hadi3977@yahoo.com 1003194753284600124938 1003194753284600124938 Yes Assistant Professor, Immunonogenetics Research Center, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran استادیار، مرکز تحقیقات ایمنوژنتیک، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، ساری، ایران