fa معرفی یک متد تشخیصی برای شناسایی ژنوم ویروس SARS-CoV2 با استفاده از روش SYBR green Real-time PCR بیوتکنولوژی Biotechnology گزارش کوتاه Brief Report <span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">سابقه</span></span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;"> و هدف:</span></span></span><span style="font-family:B Zar;"> روش‌های متفاوتی برای تشخیص مولکولی ژنوم ویروس کرونا معرفی شده است که روش های مبتنی بر تکثیر ژنوم از موثرترین تست‌ها برای تشخیص ویروس هستند. از آنجایی که اکثر کیت</span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">های تایید شده </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">PCR</span></span><span style="font-family:B Zar;"> برای تشخیص ویروس کرونا بر پایه </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">TaqMan real time PCR</span></span><span style="font-family:B Zar;"> هستند که به دلیل استفاده از پروب</span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:B Zar;">های حاوی فلئورسنت و کوئینچر هزینه تمام شده بالایی دارند. لذا، هدف از این مطالعه طراحی روشی ارزان و ساده برای تشخیص ژنوم ویروس کرونا براساس تست کمی </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">PCR- SYBR green</span></span><span style="font-family:B Zar;"> برای ژن نوکلئوکپسید ویروس بوده است.<span style="color:#0e101a;"></span></span><br> <span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">مواد و روش</span></span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">ها:</span></span></span> <span style="font-family:B Zar;">پرایمرهای اختصاصی برای ژن نوکلئوکپسید ویروس و نیز ژن کنترل انسانی به وسیله نرم‌افزار </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Oligo</span></span><span style="font-family:B Zar;"> <span style="letter-spacing:-.1pt;">طراحی شد و از نظر اختصاصیت به‌وسیله قابلیت </span></span><span dir="LTR" style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-size:10.0pt;">Primer-BLAST</span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-family:B Zar;"> پایگاه </span></span><span dir="LTR" style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-size:10.0pt;">NCBI</span></span><span style="letter-spacing:-.1pt;"><span style="font-family:B Zar;"> مورد بررسی قرار گرفتند. نمونه‌های سواب</span></span><span style="font-family:B Zar;"> بینی از 10 بیمار کرونایی تایید شده به‌وسیله </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">PCR</span></span><span style="font-family:B Zar;"> و نیز 10 فرد کنترل دریافت گردید و وارد مطالعه شدند.<span style="color:black;"></span></span><br> <span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">یافته</span></span></span><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Zar;">‌</span></span></span><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">ها:</span></span></span> <span style="font-family:B Zar;">واکنش‌های طراحی شده با انطباق کامل با کیت مورد تایید وزارت بهداشت عمل افتراق افراد سالم از افراد بیمار انجام گرفت به طوری که </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Cut-off</span></span><span style="font-family:B Zar;"> برای </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">Ct</span></span><span style="font-family:B Zar;"> واکنش برای جفت پرایمر </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">N1</span></span><span style="font-family:B Zar;"> برابر با 72/39 و برای جفت پرایمر </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">N2</span></span><span style="font-family:B Zar;">، 69/39 محاسبه گردید.<span style="color:black;"></span></span><br> <span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Koodak;">استنتاج:</span></span></span> <span style="font-family:B Zar;">واکنش طراحی شده براساس </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">SYBR green real time PCR</span></span><span style="font-family:B Zar;"> پتانسیل شناسایی ژنوم ویروس کرونا در نمونه های بالینی را از خود نشان داد و این روش در صورت طراحی مناسب پرایمرها و شرایط استاندارد واکنش می‌تواند به عنوان جایگزین کم هزینه‌تری برای روش </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.0pt;">TaqMan real time PCR</span></span><span style="font-family:B Zar;"> مطرح گردد.</span><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Zar;"></span></span></span> <strong>Background and purpose:</strong> There are various methods for molecular detection of SARS-CoV2 genome among which, PCR-based methods are the most reliable for making diagnosis. The majority of approved PCR kits for detection of Coronavirus are based on TaqMan real-time PCR which is expensive due to incorporating fluorescent and quencher-harboring probe. The aim of this study was to design a simple and affordable method for detection of SARS-CoV2 based on a more affordable SYBR green qPCR method.<br> <strong>Materials and methods:</strong> Specific primers were designed for the virus nucleocapsid gene and the human control gene using Oligo software. The specificities of the primers were examined by Primer-BLAST capability according to NCBI database. Nasal swab samples were obtained from 10 PCR-confirmed COVID-19 patients and 10 healthy control people.<br> <strong>Results:</strong> The designed reactions were performed in full compliance with the kit approved by the Ministry of Health to discriminate healthy individuals from COVID-19 patients. The Ct cut-off values calculated for N1 and N2 reactions were 39.72 and 39.69, respectively.<br> <strong>Conclusion:</strong> The designed SYBR green-based reaction showed a potential role for detection of SARS-CoV2 genome in clinical samples and this method can be considered as a less-expensive alternative to TaqMan real time PCR if the primers and standard reaction conditions are properly designed. کرونا, واکنش زنجیره ای پلیمراز, پرایمر اختصاصی COVID-19, Real-time PCR, specific primers 154 159 http://jmums.mazums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-258-14&slc_lang=fa&sid=1 Alireza Mardomi علیرضا مردمی alirezamardomi@ymail.com 1003194753284600142786 1003194753284600142786 No PhD in Immunology, Immunogenetics Research Center, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran دﮐﺘﺮای ایﻤﻮﻧﻮﻟﻮژی، ﻣﺮﮐﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ژﻧﺘﯿﮏ ایﻤﻨﯽ، داﻧﺸﮕﺎه ﻋﻠﻮم ﭘﺰﺷﮑﯽ ﻣﺎزﻧﺪران، ﺳﺎری، ایﺮان saeid abediankenari سعید عابدیان کناری abedianlab@yahoo.co.uk 1003194753284600142787 1003194753284600142787 Yes Professor, Immunogenetics Research Center, Department of Immunology, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran استاد، ﻣﺮﮐﺰ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ژﻧﺘﯿﮏ ایﻤﻨﯽ، ﮔﺮوه ایﻤﻮﻧﻮﻟﻮژی، داﻧﺸﮕﺎه ﻋﻠﻮم ﭘﺰﺷﮑﯽ ﻣﺎزﻧﺪران، ﺳﺎری، ایران