fa طراحی و ارزیابی بیوانفورماتیکی پروتئین مولتی اپی توپ جهت تشخیص عفونت استرونژیلوئیدازیس انگل شناسي parasitology پژوهشي-کامل Research(Original) <span style="font-size:12pt"><span style="line-height:87%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" koodak="" style="font-family:"><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.1pt">سابقه</span></span></span></span><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" koodak="" style="font-family:"><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.1pt"> و هدف:</span></span></span></span> <span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar="">تشخیص سرولوژیکی</span></span> <span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar="">(</span></span><span dir="LTR" lang="EN-CA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:87%">S. stercoralis</span></span><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar="">)</span></span><span dir="LTR" lang="EN-CA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:87%"> Strongyloides stercoralis </span></span><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar="">به دلیل واکنش متقابل با سایر نماتدهای انگلی اغلب چالش برانگیز است. بنابراین، لازم است برای تشخیص صحیح این عفونت انگلی نادیده گرفته شده از طریق سیستم گوارش وارد شده و حتی می</span></span><span b="" lang="AR-SA" style="font-family:" zar="">‌</span><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar="">تواند بر نازایی هم موثر باشد، آزمایش‌های سرولوژیکی جدید با کارایی بالا معرفی شوند. این مطالعه با هدف، طراحی یک ساختار چند اپی توپی برای تشخیص</span></span><span dir="LTR" lang="EN-CA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:87%"> S. stercoralis </span></span><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar="">انجام پذیرفت.</span></span><span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:#0e101a"></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:87%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" koodak="" style="font-family:"><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.1pt">مواد و روش</span></span></span></span><span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.1pt">‌</span></span></span></span><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" koodak="" style="font-family:"><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.1pt">ها:</span></span></span></span> <span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black">مطالعه حاضر یک مطالعه ایمونوانفورماتیک محاسباتی می‌باشد. برای هدف این مطالعه، ابتدا بخش‌های بسیار آنتی‌ژنیک و اپی‌توپ‌های بالقوه ایمنی غالب </span></span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:87%"><span style="color:black">S. stercoralis</span></span></span><span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"> از دو پروتئین آنتی‌ژنیک شناسایی شدند و <span style="letter-spacing:-.1pt">سپس تمام قسمت‌های انتخاب شده توسط یک پیونددهنده مناسب به هم متصل شدند. در ادامه، ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی</span> سازه طراحی ‌شده مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. سپس سازه</span></span></span><span b="" lang="AR-SA" style="font-family:" zar="">‌</span><span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black">های ثالثی سازه ساخته و مورد ارزیابی قرار گرفتند تا بهترین آن‌ها مشخص شود.</span></span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:87%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" koodak="" style="font-family:"><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.2pt">یافته</span></span></span></span><span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.2pt">‌</span></span></span></span><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" koodak="" style="font-family:"><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.2pt">ها:</span></span></span></span> <span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black">ارزیابی بیوانفورماتیک نشان داد که ساختار پروتئینی طراحی شده می</span></span></span><span b="" lang="AR-SA" style="font-family:" zar="">‌</span><span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black">تواند آبدوست، پایدار در برابر حرارت و اسیدی باشد. هم‌چنین مدل سه بعدی ساخته شده مشابه ساختار پروتئین‌های طبیعی بود.</span></span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:87%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" koodak="" style="font-family:"><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.2pt">استنتاج:</span></span></span></span> <span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black">با توجه به نتایج مطالعه، سازه طراحی شده می</span></span></span><span b="" lang="AR-SA" style="font-family:" zar="">‌</span><span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black">تواند به عنوان یک آنتی ژن کارآمد در سیستم </span></span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:87%"><span style="color:black">ELISA</span></span></span><span lang="FA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"> برای تشخیص سرولوژیک استرونژیلوئیدیازیس انسانی مورد استفاده قرار گیرد.</span></span></span><span lang="AR-SA" style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.2pt"></span></span></span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="line-height:87%"><span style="tab-stops:284.5pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span lang="AR-SA" style="font-size:8.0pt"><span style="line-height:87%"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"></span></span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> &nbsp; <span style="font-size:12pt"><span style="line-height:120%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%"><span arial="" style="font-family:"><span style="letter-spacing:-.1pt">Background and purpose:</span></span></span></span></b> <span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%">Serological diagnosis of </span></span><span lang="EN-CA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%">Strongyloides stercoralis </span></span><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%">(S. stercoralis) is often challenging due to cross-reactivity with other parasitic nematodes. Therefore, it is imperative to introduce new high-performance serological tests to flawlessly diagnose this neglected parasitic infection that enters through the digestive system and can even affect infertility. The purpose of the present study was to design a multi-epitope structure for the detection of S. stercoralis.</span></span><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%"></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="text-justify:kashida"><span style="text-kashida:0%"><span style="line-height:120%"><span style="text-autospace:none"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%"><span arial="" style="font-family:"><span style="letter-spacing:-.2pt">Materials and methods:</span></span></span></span></b><b> </b><span lang="EN" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%">The present study is a computational immunoinformatics study.<b> </b></span></span><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%">To this end, the highly antigenic parts and potential immunodominant epitopes of S. stercoralis were identified from the two antigenic proteins first and then all the selected parts were connected by a suitable linker. Next, the physicochemical characteristics of the designed structure were analyzed. Finally, tertiary structures were built and evaluated to determine the best ones.</span></span><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%"></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="line-height:120%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%"><span arial="" style="font-family:">Results:</span></span></span></b><b> </b><span style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%">Bioinformatics evaluation indicated that the designed protein structure can be hydrophilic, heat stable and acidic. In addition, the 3D model made was similar to the structure of natural proteins.</span></span><span lang="EN" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:120%"></span></span></span></span></span><br> <b><span style="font-size:10.0pt"><span arial="" style="font-family:">Conclusion:</span></span></b> <span style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Based on the findings of the study, the designed structure can be used as an efficient antigen in the ELISA system for the serological diagnosis of human strongyloidiasis</span></span> آنتی ژن, آنتی‌بادی, تشخیص سرولوژیک, بیوانفورماتیک antigen, antibody, serological diagnosis, bioinformatcs 222 231 http://jmums.mazums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-16629-2&slc_lang=fa&sid=1 Sonia Sadeghpour سونیا صادق پور sonia.sadeghpour@gmail.com No Assistant Professor, Department of Obstetrics and Gynecology, School of Medicine, Urmia University of Medical Sciences, Urmia, Iran استادیار، گروه زنان و زایمان، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی ارومیه، ارومیه، ایران Hojat Ghasemnejad- Berenji حجت قاسم نژاد برنجی hojat@gmail.com No Assistant Professor, Reproductive Health Research Center, Clinical Research Institute, Urmia University of Medical Sciences, Urmia, Iran استادیار، مرکز تحقیقات بهداشت باروری، پژوهشکده تحقیقات بالینی، دانشگاه علوم پزشکی ارومیه، ارومیه، ایران Yalda Malekzadegan یلدا ملک زادگان yalda.m1985@yahoo.com No Assistant Professor, Department of Microbiology, School of Medicine, Saveh University of Medical Sciences, Saveh, Iran استادیار، گروه میکروبیولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی ساوه، ساوه، ایران Sahar Rezaei Arablouydareh سحر رضایی عربلوی دره sahar12@gmail.com No MSc in Clinical Biochemistry, Reproductive Health Research Center, Clinical Research Institute, Urmia University of Medical Sciences, Urmia, Iran کارشناس ارشد بیوشیمی بالینی، مرکز تحقیقات بهداشت باروری، پژوهشکده تحقیقات بالینی، دانشگاه علوم پزشکی ارومیه، ارومیه، ایران Mohammadreza pashaei محمدرضا پاشایی m.pashaei@yahoo.com No Assistant Professor, Department of Internal Medicine, School of Medicine, Urmia University of Medical Sciences, Urmia, Iran استادیار، گروه داخلی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی ارومیه، ارومیه، ایران Javad Fathi جواد فتحی javadfathi@yahoo.com No PhD in Medical Bacteriology, Department of Bacteriology and Virology, School of Medicine, Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran دکتری باکتری شناسی پزشکی، گروه باکتری شناسی و ویروس شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، شیراز، ایران Yousof karmai یوسف کرمی No PhD in Veterinary Medicine, Faculty of Veterinary Medicine, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran دکتری دامپزشکی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران Mohamad Sabaghan محمد صباغان mohamadsabaghan1986@yahoo.com Yes Assistant Professor, Department of Basic Sciences, Behbahan Faculty of Medical Sciences, Behbahan, Iran استادیار، گروه علوم پایه، دانشکده علوم پزشکی بهبهان، بهبهان، ایران Mortaza Taheri-Anganeh مرتضی طاهری انگنه mortazataheri@yahoo.com No Assistant Professor, Cellular and Molecular Research Center, Cellular and Molecular Medicine Research Institute, Urmia University of Medical Sciences, Urmia, Iran استادیار، مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، پژوهشکده پزشکی سلولی و مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی ارومیه، ارومیه، ایران