Journal of Mazandaran University of Medical Sciences

fa افزایش بیان LINC01139 lncRNA به عنوان نشانگر زیستی بالقوه سرطان کلورکتال Increased Expression of lncRNA LINC01139 as a Potential Biomarker of Colorectal Cancer ژنتیک genetic پژوهشي-کامل Research(Original) سابقه و هدف: سرطان کولورکتال (CRC) از نظر میزان بروز و مرگ و میر در بین انواع سرطان‌ها به ترتیب رتبه چهارم و دوم را به خود اختصاص داده است. اگرچه غربالگری سرطان کولورکتال در بهبود پیشگیری و درمان این بیماری موثر بوده اما همچنان موانع متعدد از جمله متاستاز سرطان کولورکتال، پیش‌آگهی این بیماری را به شدت مختل کرده است. RNA های غیر کدکننده طولانی نوعی مولکول RNAi هستند که در چندین گروه عملکردی طبقه‌بندی می‌شوند و در برخی از مسیرهای سلولی مهم شرکت می‌کنند. تعامل LncRNA-RNA ترجمه وتخریب mRNA را کنترل می‌کند یا به‌عنوان اسفنج miRNA (microRNA) برای خاموش کردن عمل می‌کند. تعامل LncRNA-پروتئین فعالیت پروتئین را در فعال‌سازی رونویسی و خاموش کردن تنظیم می‌کند. راهنمای LncRNA، فریب، و داربست تنظیم‌کننده‌های رونویسی ناحیه تقویت‌کننده یا سرکوب‌کننده ژن‌های کد کننده را برای تغییر بیان تنظیم می‌کنند. RNA های غیرکدکننده بلند به‌دلیل نقش کلیدی در تنظیم بیان ژن و اثرات بالقوه در مسیرهای سیگنالینگ سلولی، توجه روزافزون محققان را به خود جلب کرده‌اند. این RNA ها، به عنوان نشانگرهای زیستی، در تشخیص، پیشرفت و پیش‌آگهی سرطان کولورکتال نقش مهمی ایفا می‌کنند. این مطالعه با هدف بررسی تغییر سطح بیان RNA غیرکدکننده LINC01139 در سرطان کولورکتال در مقایسه با بافت سالم انجام شد. مواد و روش‌ها: در این مطالعه تجربی ابتدا تغییر بیان ژن LncRNA LINC01139 از دو پایگاه داده UALCAN و Gepia2 در بافت‌های توموری آدنوکارسینوما کولون در مقایسه با بافت سالم بررسی شد. سپس total RNA از 41 نمونه بافت توموری سرطان کولورکتال و 41 نمونه بافت سالم مجاور تومور استخراج شد و پس از بررسی کیفی و کمی RNA استخراج شده، سنتز cDNA با استفاده از کیت انجام گردید. سپس با طراحی و سنتز پرایمر اختصاصی، میزان بیان RNA غیرکدکننده LINC01139 در دو بافت توموری و سالم با استفاده از تکنیک Real time RT-PCR اندازه‌گیری شد. در پایان با در نظر گرفتن ژن Gapdh به‌عنوان ژن خانه‌داری، داده‌های حاصل به‌وسیله نرم‌افزار Graph pad prism تجزیه و تحلیل گردید. یافته‌ها: تجزیه و تحلیل داده‌های این مطالعه براساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی نشان داد که بیان RNA غیرکدکننده LINC01139 در تومورهای کولورکتال کاهش می‌یابد این در حالی است که بیان این ژن به‌طور قابل توجهی در بافت‌های توموری (اعم از متاستازی و غیر متاستازی) در مقایسه با بافت نرمال مجاور مستقل از جنس افزایش می‌یابد (0/0001P<) ولی تفاوت بیان معنی‌داری بین نمونه‌های غیرمتاستازی و متاستازی مشاهده نشد (0/05P>). هم‌چنین نشان داده شد که افزایش بیان RNA غیرکدکننده LINC01139 در بافت‌های توموری می‌تواند به‌عنوان نشانگر زیستی در شناسایی بافت‌های توموری از بافت‌های سالم کولورکتال (0/0001, P< 0/81 = AUC) عمل کند. استنتاج: باتوجه به نقش شناخته شده LINC01139 lncRNA در مسیر سیگنالینگ HIF1α به‌عنوان داربست، عملکرد انکوژنیک LINC01139 lncRNA در سرطان کبد از طریق محور miR-30/MYBL2 و برهمکنش قوی Linc01139-PIP3 LncRNA و اثر بر مسیر PIP3-AKT، به نظر می‌رسد افزایش بیان LINC01139 lncRNA سیتوپلاسمی و عملکرد آن به‌عنوان یک آنکوژن، احتمالاً می‌تواند از طریق مسیرهای سیگنالینگ در سرطان‌زایی کولورکتال دخیل باشد.   Background and purpose: Colorectal cancer (CRC) ranks fourth and second among all types of cancer in terms of incidence and mortality rates, respectively. Although colorectal cancer screening has been effective in improving the prevention and treatment of this disease, many obstacles, including colorectal cancer metastasis, have severely hampered the prognosis of this disease. Long non-coding RNAs are a type of RNAi molecule that is classified into several functional groups and participates in some important cellular pathways. LncRNA-RNA interactions control mRNA translation and degradation or act as microRNA (miRNA) silencing sponges. LncRNA-protein interaction regulates protein activity in transcriptional activation and silencing. LncRNA guide, decoy, and scaffold transcriptional regulators regulate the enhancer or repressor region of coding genes to alter expression. Non-coding RNAs have attracted increasing attention from researchers due to their key role in regulating gene expression and potential effects on cell signaling pathways. These RNAs, as biomarkers, play an important role in the diagnosis, progression, and prognosis of colorectal cancer. This study investigated the change in the expression level of non-coding RNA LINC01139 in colorectal cancer compared to healthy tissue. Materials and methods: and Methods: In this study, the expression change of the LncRNA LINC01139 gene from two databases, UALCAN and Gepia2, was investigated in colon adenocarcinoma tumor tissues compared to healthy tissue. Then, total RNA was extracted from 41 colorectal cancer tumor tissue samples and 41 healthy tissue samples adjacent to the tumor, and after qualitative and quantitative analysis of the extracted RNA, cDNA synthesis was performed using the kit. Then, by designing and synthesizing a specific primer, the expression level of LINC01139 non-coding RNA was measured in two tumor and healthy tissues using the Real-time RT-PCR technique. In the end, considering the Gapdh gene as a housekeeping gene, the resulting data were analyzed by Graph pad prism software. Results: Data analysis of this study based on bioinformatics analysis showed that the expression of non-coding RNA LINC01139 is decreased in colorectal tumors. This is even though the expression of this gene increases significantly in tumor tissues (both metastatic and non-metastatic) compared to the adjacent normal tissue, regardless of gender(P<0.0001). However, It was also shown that increased expression of LINC01139 non-coding RNA in tumor tissues can serve as a biomarker in identifying tumor tissues from healthy colorectal tissues(AUC=0.81, P<0.0001). as no significant expression difference between non-metastatic and metastatic samples (P>0.05). Conclusion: Considering the known role of LINC01139 lncRNA in the HIF1α signaling pathway as a scaffold, the oncogenic function of LINC01139 lncRNA in liver cancer through the miR-30/MYBL2 axis and the strong Linc01139-PIP3 LncRNA interaction and the effect on the PIP3-AKT pathway. It seems that increased expression of cytoplasmic lncRNA LINC01139 and its function as an oncogene may be involved in colorectal carcinogenesis through signaling pathways.   سرطان کولورکتال, LINC01139 lncRNA, نشانگر زیستی, متاستاز, UALCAN, Gepia2 Colorectal cancer, LINC01139 lncRNA, biomarker, metastasis, UALCAN, Gepia2 84 92 http://jmums.mazums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-16375-1&slc_lang=fa&sid=1 Shahrbanoo Nandoust kenari شهربانو ناندوست کناری atefehnandost@gmail.com 1003194753284600169169 1003194753284600169169 No PhD Student in Molecular Genetics, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Shahrekord Branch, Islamic Azad University, Shahrekord, Iran دانشجوی دکتری ژنتیک مولکولی، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران Parisa Mohamadynejad پریسا محمدی نژاد parisa_mohamadynejad@yahoo.com 1003194753284600169170 1003194753284600169170 Yes Assistant Professor, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Shahrekord Branch, Islamic Azad University, Shahrekord, Iran استادیار، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران Mehdi Moghanibashi مهدی مغنی باشی mehdimoghani@yahoo.com 1003194753284600169171 1003194753284600169171 No Assistant Professor, Department of Genetics, Faculty of Medicine, Islamic Azad University, Kazerun Branch, Kazerun, Iran. استادیار، گروه ژنتیک، دانشکده پزشکی، واحد کازرون، دانشگاه آزاد اسلامی، کازرون، ایران Abouzar Bagheri ابوذر باقری ab.bagherimg@gmail.com 1003194753284600169172 1003194753284600169172 No Assistant Professor, Department of Clinical Biochemistry and Medical Genetics, Faculty of Medicine, Mazandaran University of Medical Sciences, Sari, Iran استادیار، گروه بیوشیمی بالینی و ژنتیک پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، ساری، ایران Leila Rouhi لیلا روحی nrouhi@gmail.com 1003194753284600169173 1003194753284600169173 No Assistant Professor, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Shahrekord Branch, Islamic Azad University, Shahrekord, Iran استادیار، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران