fa مطالعه تنوع ژنتیکی باکتری‌های Escherichia coli جداسازی شده از نمونه های عفونت اداری با استفاده از RAPD-PCR ميکروبيولوژي Microbiology پژوهشي-کامل Research(Original) <p dir="RTL">سابقه و هدف: راه‌های تشخیص باکتری <em><span dir="LTR">E. coli</span></em><em>،</em> کشت، روش‌های سرولوژی و ملکولی می‌باشد. در روش مولکولی با استفاده از پرایمرهای کوچک تصادفی، اقدام به تولید محصولات <span dir="LTR">PCR</span> می‌گردد. هدف از مطالعه حاضر، بررسی تنوع ژنتیکی در باکتری‌های اشریشیاکلی می‌باشد. هم‌چنین با استفاده از دو سویه شایع <span dir="LTR">EnteroPathogenic E. coli</span> (<span dir="LTR">St.₁</span>) و <span dir="LTR">EnteroHaemorrhagic E. coli</span> (<span dir="LTR">St.₂</span>)، میزان قرابت باکتری‌های جداسازی شده با این دو سویه نیز مطالعه می‌گردد.</p> <p dir="RTL">مواد و روش‌ها: در مطالعه‌ی تجربی حاضر 50 نمونه باکتری اشرسیاکلی جدا شده از نمونه‌های ادراری با آزمایشات بیوشیمیایی تعیین هویت مجدد شدند. سپس استخراج <span dir="LTR">DNA</span> با استفاده از کیت انجام شد و محصولات حاصل از <span dir="LTR">PCR</span> پس از الکتروفورز ارزیابی شدند. ماتریس یک/صفر باندها در <span dir="LTR">Excel</span> وارد و سپس با کمک برنامه‌های <span dir="LTR">NTSYS_PC2.02</span> و <span dir="LTR">MVSP 3.2</span> مورد بررسی قرار گرفتند.</p> <p dir="RTL">یافته‌ها: در مجموع از 8 پرایمر، 129 باند تولید شد. بیش‌ترین تعداد باند تولیدی، مربوط به پرایمر 2 با 24 باند می‌باشد. 42 باند پلی‌مورف، 10 باند مشترک در تمام پرایمرها و 22 باند اختصاصی ویژه هر یک از پرایمرها به دست آمد. بزرگ‌ترین باند به اندازه <span dir="LTR">Kb</span> 3/7 مربوط به پرایمر یک و کوچک‌ترین باند به اندازه <span dir="LTR">Kp</span> 80 مربوط به پرایمرهای 7 و 8 می‌باشد. براساس الگوی دندروگرام <span dir="LTR">UPGMA</span> و الگوی رسته‌بندی سه بعدی <span dir="LTR">PCoA</span><strong>،</strong> ایزوله‌های 33، 47، 48 و 50 قرابت ژنتیکی نسبی با دو سویه استاندارد <span dir="LTR">St.₁</span> و <span dir="LTR">St.₂</span> از خود نشان دادند.</p> <p dir="RTL">استنتاج: ایزوله‌ها با ترسیم رسته‌بندی سه بعدی <span dir="LTR">PCoA</span><strong>،</strong> تنوع ژنتیکی بالایی را از خود نشان دادند که بیانگر وجود تنوع مراکز آلودگی در انتشار باکتری‌های مورد نظر می‌باشد. انگشت نگاری ایزوله‌ها با این روش، قدرت تکرارپذیری بالایی را نشان داد و این می‌تواند درجه بالایی از اطمینان و صحت را در مورد این تکنیک نشان دهد.</p> <p><strong>Background and purpose:</strong> <em>E. coli</em> bacteria is detected by culture, serology and molecular methods. In molecular methods PCR products are created using little random primers. The main purpose of this research was to study the genetic diversity of <em>Escherichia coli </em>bacteria. Also, the propinquity of isolated bacteria with two common strains of EnteroPathogenic <em>E. coli</em> (St.₁) and EnteroHaemorrhagic <em>E. coli</em> (St.₂) was studied.</p> <p><strong>Materials and methods:</strong> An experimental study was performed in which 50 <em>E. coli</em> bacteria were isolated from urine samples and re-identified using biochemical tests. DNA was extracted by a kit and PCR products were evaluated after electrophoresis. The matrix of one/zero of bands was entered in Excel and studied by NTSYS_PC2.02 and MVSP 3.2 programs.</p> <p><strong>Results:</strong> Eight primers were used from which 129 bands were produced. The highest number of bands were produced by primer 2 (n=24). We observed 42 polymorphic bands, 10 common bands in all primers, and 22 special bands in each primer. The largest band appeared in primer 1 (17.3 kb) and the smallest band was observed in primers 7 and 8 (80 bp). Based on UPGMA dendrogram pattern and PCoA 3D ordination, four isolates including 33, 47, 48 and 50 showed relative genetic propinquity with St.₁ and St.₂.</p> <p><strong>Conclusion:</strong> Drawing PCoA 3D ordination showed high genetic diversity in isolates, indicating different pollution centers in spreading the bacteria. Fingerprinting of isolates showed high repeatability in technique illustrating its high degree of accuracy and reliability.</p> اشریشیاکلی, RAPD-PCR, تنوع ژنتیکی Escherichia coli, Random Amplified Polymorphic DNA Technique, genetic variation 114 123 http://jmums.mazums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1256-126&slc_lang=fa&sid=1 Hamzeh Asadi حمزه اسدی hamzehasadi@yahoo.com Email 100319475328460085637 100319475328460085637 Yes MSc in Microbiology, Faculty of Sciences, Islamic Azad University, Qom Branch, Qom, Iran کارشناس ارشد میکروبیولوژی، دانشکده علوم، دانشگاه آزاد اسلامی واحد قم، قم، ایران Reza Yari رضا یاری 100319475328460085638 100319475328460085638 No Assistant Professor, Department of Biology, Faculty of Sciences, Islamic Azad University, Borujerd Branch, Borujerd, Iran استادیار، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد بروجرد، بروجرد، ایران Mohsen Zargar محسن زرگر 100319475328460085639 100319475328460085639 No MSc in Microbiology, Faculty of Sciences, Islamic Azad University, Qom Branch, Qom, Iran کارشناس ارشد میکروبیولوژی، دانشکده علوم، دانشگاه آزاد اسلامی واحد قم، قم، ایران