به‌طور‌کلی مفهوم اپیدمیولوژی مولکولی، استفاده از ابزارهای مولکولی در برآورد وضعیت برقراری چرخه یک بیماری در جمعیت مشخص می‌باشد. در حال حاضر، روش‌های مولکولی آسان، سریع و با کارآیی بالا، جهت شناسایی و تعیین گونه انگل‌ها در نمونه‌های بالینی و بیولوژی به‌طور چشمگیری استفاده می‌شوند. لذا هدف از مطالعه حاضر، مرور ابزارهای مولکولی و نحوه کاربرد آن‌ها به منظور شناخت بیش‌تر عفونت‌های انگلی در تحقیقات تاکسونومی و اپیدمیولوژی می‌باشد. محققین مختلف، به‌منظور شناسایی، بررسی تنوع ژنتیکی و هم‌چنین رفع مشکلات تاکسونومی به ویژه در سطح گونه و یا حتی زیرگونه انگل‌های مختلف، روش‌ها و مارکرهای متنوعی را ارائه نموده‌اند. بسیاری از این مطالعات در مورد اهمیت شیوع عفونت‌های همزمان با گونه‌های مختلف یک انگل و حتی ساب تایپ‌ها و یا سوش‌های آن‌ها می‌باشد. تاکنون قطعات مختلف DNA ریبوزومی، میتوکندریایی و کینتوپلاستی جهت تعیین هویت و آنالیز فیلوژنتیک انواع انگل‌ها استفاده شده‌اند. در صورتی‌که هدف تحقیق، بررسی تنوع درون گونه‌ای و روند تکاملی یک انگل باشد، بهتر است از تعیین توالی قطعه ITS1 ریبوزومی و قطعه COX1 میتوکندریایی استفاده شود. هم‌چنین استفاده از قطعاتی نظیر SSUrDNA و LSUrDNA در آنالیز فیلوژنتیک و تاکسونومی کاربرد بیش‌تری دارند. در مجموع می‌توان نتیجه گرفت که ابزارها و مارکرهای مولکولی جدید، جایگزین مناسبی برای روش‌های سنتی می‌باشند، زیرا در بسیاری مناطق آندمیک، درمان موفقیت‌آمیز به تشخیص سریع و دقیق بستگی دارند.