ویروس آنفولانزای H1N1 یکی از گونه های بسیار مسری می‌باشد که همه ساله باعث ایجاد اپیدمی در فصول سرد می‌گردد و در این موارد باید منتظر عوارض نادرآن هم بود. هدف این مطالعه معرفی یک مورد نادر آنسفالیت ناشی از ویروس H1N1 در یک مرد ۵۲ ساله بوده است. بیمار بعد از یک روز تب و علائم آنفولانزا به علت کاهش سطح هوشیاری بستری شد که در بررسی‌های صورت گرفته، CT مغز نرمال بوده و تحت درمان تجربی با وانکومایسین، سفتریاکسون، آسیکلوویر و تامیفلو با توجه به اپیدمی آنفولانزا قرار گرفت. در روز سوم درمان، بیمار هوشیار شد و اختلال عملکرد مغزی نداشت. نمونه CSF با روش RT PCR از نظر H1N1 مثبت شد. نتیجه رنگ آمیزی و کشت CSF منفی بود. در نمونه CSF ده عدد لنفوسیت دیده شد و از نظر پروتئین و قند نیز نرمال گزارش گردید. با تشخیص آنسفالوپاتی ناشی از آنفلوانزا تحت درمان ۱۰ روزه با تامیفلو قرار گرفت و با حال عمومی خوب مرخص گردید. باید دقت نمود که آنفلوانزا می‌تواند یکی از علل کاهش سطح هوشیاری به صورت آنسفالیت یا مننگو آنسفالیت مخصوصاً در ایام اپیدمی باشد.