نقد به مقاله &quot; آنالیز منحنی ذوب DNA با کیفیت بالا (HRM) به منظور شناسایی استافیلوکوک اورئوس و سویه مقاوم به متی سیلین &quot;

عطایی, رمضانعلی

دوره 29، شماره 173 - ( خرداد 1398 ) جلد 29 شماره 173 صفحات 180-176 | برگشت به فهرست نسخه ها

Mendeley

Zotero

RefWorks

Ataee R A. Letter to editor " Applying High-quality DNA Melting Curve Analysis in Identifying Staphylococcus aureus and Methicillin-resistant Strains ". J Mazandaran Univ Med Sci 2019; 29 (173) :176-180
URL: http://jmums.mazums.ac.ir/article-1-12827-fa.html

عطایی رمضانعلی. نقد به مقاله " آنالیز منحنی ذوب DNA با کیفیت بالا (HRM) به منظور شناسایی استافیلوکوک اورئوس و سویه مقاوم به متی سیلین ". مجله دانشگاه علوم پزشکی مازندران. 1398; 29 (173) :176-180

URL: http://jmums.mazums.ac.ir/article-1-12827-fa.html

نقد به مقاله " آنالیز منحنی ذوب DNA با کیفیت بالا (HRM) به منظور شناسایی استافیلوکوک اورئوس و سویه مقاوم به متی سیلین "

رمضانعلی عطایی

چکیده: (2329 مشاهده)

سردبیر محترم

با آن که حوزه مقاومت به متی سیلین از اهمیت زیادی برخوردار بوده ولی مطالعات ناقص فراوانی در این خصوص گزارش شده است(1). با آن که روش high-resolution melting curve analysis برای تشخیص بسیاری از ژن‌های پروکاریوتی و یوکاریوتی گزارش شده است(4-2)، نویسندگان محترم به جای Resolution واژه quality را به کار برده و به عنوان یک روش بسیار حساس برای تشخیص استافیلوکوکوس آرئوس مطرح کرده‌اند، درحالی‌که این روش برای تشخیص بسیاری از ژن‌ها کاربرد دارد. بنابراین، لازم است به نکاتی اشاره شود:
1- عنوان مقاله : در عنوان مقاله، آنالیز منحی ذوب DNA با کیفیت بالا به منظور شناسایی استافیلوکوکوس آرئوس ذکر شد. این روش برای شناسایی سایر باکتری‌ها نیز کاربرد دارد و افزایش کیفیت ذوب به درجه خلوص و ترکیب بازهای DNA استخراج شده بستگی دارد و نه چیز دیگر. هم‌چنین، ابهام دیگری در عنوان وجود دارد زیرا، معلوم نیست باکتری مورد نظر به متی‌سیلین مقاوم بوده و یا دو باکتری مجزا از هم هستند. از عنوان این گونه استنباط می‌شود که مطالعه فوق از دو سویه استافیلوکوکوس آرئوس، یکی مقاوم به متی‌سیلین و دیگری حساس بوده است.
2- مقدمه : جستجو در پاپ مد نشان می‌دهد طی 10 سال گذشته حدود 27 عنوان مقاله در خصوص متی‌سیلین چاپ شده از ایران وجود دارد که به خوبی و به طور شایسته از آن‌ها بهره‌گیری نشده است. هم‌چنین در مقدمه از ژن ITS نام برده و به رفرنس شماره هفت ارجاع داده است که تناسب ندارد.
از 60 تا سویه استافیلوکوکوس معرفی شده در سایت in silico ؛ 9 سویه استافیلوکوکوس آرئوس فاقد ژن ITS هستند (تصویر شماره 1) و مشخص نیست که آیا همه سویه هایی که این ژن را دارند به متی سیلین مقاوم باشند و یا درصد مقاومت آن ها یکسان باشد.
3- مواد و روش ها : رقت‌های ارایه شده
مناسب نمی باشند. زیرا، ذکر شده است که از
سوسپانسیون معادل استاندارد 5/0 مک فارلند
(CFU/ml 10⁸ × 5/1) رقت‌های ذکر شده در زیر را

تهیه نموده است که مناسب نیستند.

تصویر شماره 1: واکنش PCR مجازی با پرایمر های استفاده شده در مطالعه فوق توسط نرم افزار in-silico

اگر خواننده فرض نماید که این غلظت‌ها نماینده تعداد سلول باکتری در هر میلی‌لیتر باشد. سوسپانسیون ده به توان صفر (10⁰) یعنی یک عدد باکتری در هر میلی‌لیتر، حال اگر آن را 10 ، 100 ، 1000، و 10000 برابر رقیق نمایند چند عدد باکتری یا به عبارت دیگر چند CFU در هر میلی لیتر بوده است ؟
معلوم نیست رقت 10⁷ از استاندارد 5/0 مک فارلند تهیه شده یا از چیز دیگری؟ به همین ترتیب معلوم نیست رقت 10⁴ و^4-10 دارای چند عدد سلول باکتری بوده‌اند؟ شایسته است محقق محترم ژن استخراج شده از هر رقت را اندازه‌گیری و غلظت DNA را برای هر رقت بیان کند تا بتواند به طور دقیق حساسیت کار را بیان نماید.
مدل ارایه شده برای اختصاصیت صحیح نیست، مگر این‌که برای آن رفرنس و دلیل علمی ذکر شده باشد. هر 12 رقت ذکر شده از یک ژن نشان‌دهنده اختصاصیت نیست، اختصاصیت زمانی ایجاد می‌شود که پرایمر مورد نظر به قطعات ژنی سایر باکتری‌ها یا سایر ژن‌ها به غیر از استافیلوکوکوس نچسبد.
4- یافته ها : در نتایج حساسیت برای ژن ITS ده هزار باکتری و برای ژن mecA هزار سلول باکتری بیان شده است و در شکل نیز نشان داده شده است. در حالی که حساسیت روش تشخیص این ژن ها در حد 10 سلول باکتری گزارش شده است(5). بیان این اعداد قابل قبول نیست، ازطرفی محقق محترم می‌توانست با اسکن نمودن غلظت باندها و یا تعیین غلظت DNA موجود در هر یک از رقت‌ها و مقایسه با منابع موجود تعداد CFU را به طور دقیق محاسبه نماید.

پاسخ به نقد مقاله " آنالیز منحنی ذوب DNA با کیفیت بالا (HRM)
به منظور شناسایی استافیلوکوک اورئوس و
سویه مقاوم به متی سیلین "

محمد رضا عربستانی
دانشیار، گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران
مرکز تحقیقات بروسلوز، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران

سردبیر محترم

ضمن تشکر از خواننده محترم و ارائه نظرات ارزشمند ایشان، توجه خواننده عزیز را در خصوص موارد ذکر شده به نکات ذیل جلب می‌نمایم:
1- عنوان مقاله : البته که تکنیک
high-resolution melting curve analysis (HRM) ، برای شناسایی بسیاری از ژن‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرد، ولی با توجه به این‌که این مطالعه برای شناسایی و تشخیص باکتری استافیلوکوکوس آرئوس و ژن مقاوم به متی سیلین در استافیلوکوکوس آرئوس مورد استفاده قرار گرفته است، با این عنوان معرفی شده است.
2- مقدمه : در خصوص عدم بهره‌گیری از مقالات چاپ شده از ایران طی ده سال اخیر که منتقد
محترم به آن اشاره نموده‌اند باید ذکر شود
که با توجه به این‌که هدف شناسایی باکتری
استافیلوکوک و سویه مقاوم به متی‌سیلین با روش
high-resolution melting curve analysis (HRM)، بوده، نه اپیدمیولوژی سویه‌های مقاوم به متی‌سیلین آن، بنابراین هم در مقدمه مقاله منابع شماره 11، 12، 14، 16 و هم در قسمت بحث مقاله، منابع شماره 22 الی 26 در زمینه تکنیک HRM صحبت کرده‌اند که به خوبی از آن‌ها استفاده شده است. در رفرنس شماره 7 نواحی بین 16S-23 S rRNA مورد بررسی قرار گرفته است که منظور همان نواحی ITS می‌باشد.
ناحیه ITS برای شناسایی جنس و گونه باکتری استافیلوکوکوس آرئوس استفاده می‌شود، نه برای شناسایی ژن مقاومت به متی‌سیلین، که البته ممکن است بعضی از سویه‌های استافیلوکوکوس آرئوس دارای ژن mec نیز باشند و بعضی ژن mec را نداشته باشند، بنابراین ممکن است ارتباطی بین ژن ITS, و مقاومت به متی‌سیلین وجود نداشته باشد.
3- مواد و روش ها : در ارتباط با رقت‌های به کار رفته در انجام مطالعه لازم است ذکر شود که، همان‌طوری که در صفحه شماره 86 مقاله قسمت روش کار، بخش حساسیت و اختصاصیت پرایمرها اشاره شده است، تمامی رقت‌های تهیه شده بر مبنای 5/0 مک‌فارلند صورت گرفته است و حداقل مقدار آن CFU/ml 00015/0 یا همان ^4-10 x 5/1 در نظر گرفته شده است. لزوما تهیه رقت‌های کم‌تر از 100 جهت تعیین میزان حساسیت بوده است که برخی دیگر از محققین از جمله Ericksen نیز از این رقت ها استفاده کرده‌اند(1). همان‌طوری که مستحضر هستید برای تهیه رقت بایستی OD یا جذب نوری DNA نیز اندازه‌گیری شود که با دستگاه نانودراپ این کار انجام شده است.
در خصوص مدل ارائه شده برای اختصاصیت در مطالعه حاضر باید اشاره شود که، جهت تعیین اختصاصیت پرایمر ITS و mecA در روش HRM، دمای ذوب پرایمر مورد استفاده برای سویه‌های استاندارد استافیلوکوکوس آرئوس مقاوم به متی‌سیلین مورد ارزیابی قرار گرفت و با رسیدن به دمای86 و 81 درجه سانتی‌گراد به ترتیب برای پرایمرهای ITS و mecA، اختصاصیت پرایمرها مشخص شد. البته، با استفاده از سایر باکتری‌ها در کنار سویه‌های استاندارد به عنوان کنترل منفی، پرایمرهای مورد نظر قادر به شناسایی سایر باکتری‌ها در این دما نبودند. در این جا صرفا به خاطر جلوگیری از پیچیدگی تصاویر، شکل‌هایی اختصاصی برای این دو ژن یعنی ITS و ژن mecA آورده شده و از ذکر تصاویر دیگر خودداری شده است.
4- یافته ها : در تصویر شماره 1 که اعداد بالا ذکر شده، تصویرمربوط به ژل آگارز می‌باشد که همان‌گونه که مستحضر هستید قدرت تفکیک ژل آگارز در مقایسه با روش Real TimePCR بسیار پایین‌تر می‌باشد که یک امر بدیهی است.

واژه‌های کلیدی: نقد، نقد، نقد

متن کامل [PDF 237 kb] (782 دریافت)

نوع مطالعه: پژوهشي-کامل | موضوع مقاله: ميکروبيولوژي

ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
	این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به مجله دانشگاه علوم پزشکی مازندران می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

Designed & Developed by : Yektaweb